In this study, conformational analysis was performed
via the Spartan14 program to obtain the stable structure of the Thymine
molecule involved in the DNA biosynthesis process, which also plays an
important role in the transfer and conservation of genetic information. Two
conformations were determined by the conformation analysis. The geometry
optimization calculations of these conformations have been made. Possible
radicals were modeled by using the most stable structure, the electron
paramagnetic resonance parameters of the radicals were calculated and the
radical structure was given for the first time in comparison with the
experimental values. All of these calculations were performed in the Gaussian03
program using the Density Functional Theory (DFT). There are studies about
Electron Paramagnetic Resonance made by mixing hydrogen peroxide in the liquid
phase in the literature and comparisons in these studies utilized from this
study. Since there is no experimental study of radicals that can be formed by
molecular irradiation in the literature, the structures of such radicals and
the Electron Paramagnetic Resonance parameters of radicals are given for the
first time in this study.
Bu çalışmada DNA biyosentez sürecine katılan, ayrıca
genetik bilginin transferi ve korunmasında önemli rol oynayan Timin molekülünün
kararlı yapısını elde etmek için Spartan14 programı aracılığıyla konformasyon
analizi yapılmıştır. Konformasyon analizi sonucunda iki konformasyon elde
edilmiştir. Bu konformasyonların geometri optimizasyon hesaplamaları
yapılmıştır. En kararlı yapı kullanılarak olası radikaller modellenmiş,
Radikallerin Elektron Paramanyetik Rezonans parametreleri hesaplanmış ve
deneysel değerlerle karşılaştırılarak radikal yapısı ilk defa bu çalışmada
verilmiştir. Bu hesaplamaların hepsi Yoğunluk Fonksiyonelleri Teorisi (DFT)
kullanılarak Gaussian03 programında yapılmıştır. Literatürde sıvı fazda
hidrojen peroksitle karıştırılarak yapılan Elektron Paramanyetik Rezonans
çalışması mevcuttur ve karşılaştırmalarda bu çalışmadan faydalanılmıştır.
Molekülün ışınlanması ile oluşabilecek radikallere ait deneysel bir çalışma
literatürde mevcut olmadığından, bu şekilde oluşabilecek radikallerin yapıları
ve Radikallerin Elektron Paramanyetik Rezonans parametreleri ilk defa bu
çalışmada verilmiştir.
Subjects | Engineering |
---|---|
Journal Section | Articles |
Authors | |
Publication Date | December 16, 2017 |
Published in Issue | Year 2017 Volume: 6 Issue: 2 |
This work is licensed under the Creative Commons Attribution-Non-Commercial-Non-Derivable 4.0 International License.