Biber (Capsicum annuumL.) Genotiplerinin SSR Markörleri ile Genetik Karakterizasyonu

Yaşar Karakurt; Damla Güvercin; Ezgi Cesur

doi:10.20289/zfdergi.614237

Research Article

Biber (Capsicum annuumL.) Genotiplerinin SSR Markörleri ile Genetik Karakterizasyonu

Year 2020, Volume: 57 Issue: 2, 185 - 191, 30.06.2020

Yaşar Karakurt Damla Güvercin Ezgi Cesur

https://doi.org/10.20289/zfdergi.614237

Cited By: 1

Abstract

Amaç: Biber (Capsicum annuum) genotiplerinin SSR
markörleri ile genetik karakterizasyonuyapılmıştır.

Materyal ve Metot:Çalışmada
kullanılan biber çeşitleri Akdeniz Bölgesinde yer alan Antalya ilindeki çeşitli
fide şirketlerinden temin edilmiştir. Toplamda 10 çeşit biber fidesi ve 10 SSR
primeri ile PCR çalışmaları yürütülmüştür.

Bulgular: SSR markörleri
ile yapılan UPGMA analizleri sonucunda biber çeşitleri 2 ana gruba ayrılmıştır.
Birinci ana grup iki alt gruba ayrılmıştır. İlk alt grupta Vezir, Üçburun,
Acıburun, Yükselince, Anadol, Serenad, Hayfa Şili yer almaktadır. İkinci alt
grupta ise Jalomex yer almaktadır. İkinci ana grupta Ergenekon ve Kanyon genotipleri
yer almaktadır. Vezir- Üçburun ve Yükselince- Anadol çeşitleri benzer gruplar
olup incelenen SSR bölgeleri bakımından benzer özellik göstererek birlikte
gruplanmıştır. Ergenekon- Kanyon, Serenad- Hayfa Şili kendi aralarında
benzerlik gösteren diğer gruptur. En uzak benzerlik Jalomex ve Ergenekon
arasında olup, ikinci uzak benzerlik Jalomex- Kanyon arasındadır. Toplam allel
sayısının 162, spesifik allel sayısının 60 olduğu ve bant büyüklüğünün ise 164
ile 294 bç arasında değiştiği belirlenmiştir. Polimorfik bilgi içeriği (PBİ)
0,04 ile 0,89 arasında değişim göstermiştir.

Sonuç:Türkiye’deki biber
türlerine ait SSR bulgularımız, bölgede bundan sonraki ıslah çalışmalarında
ebeveyn seçiminde bir basamak oluştururken, biber genotiplerinin yayılma
alanlarının belirlenmesinde, genetik koleksiyonların karşılaştırılmasında, biber genotiplerinin karakterizasyonunda
kullanılabilir.

Keywords

SSR, Capsicum, Biber, Moleküler markör

References

Aktas, H., K. Abak and S. Sensoy. 2009. Genetic diversity in some Turkish pepper (Capsicum annuum L.) genotypes revealed by AFLP analyses. African Journal of Biotechnology, 8(18): 4378-4386.
Chaim, A.B., I. Paran, R.C. Grube, M. Jahn, R.V. Wijk and J. Peleman. 2001. QTL mapping of fruit-related traits in pepper (Capsicum annuum). Theoretical and Applied Genetics, 102(6-7): 1016-1028.
Dice, L.R. 1945. Measures of the amount of ecologic association between species. Ecology, 26(3): 297-302.
Dirlewanger, E., P.Cosson, M. Tavaud, M. Aranzana, C.Poizat, A. Zanetto, P. Arús and F. Laigret. 2002. Development of microsatellite markers in peach [Prunus persica (L.)Batsch] and their use in genetic diversity analysis in peach and sweet cherry (Prunus avium L.). Theoretical and Applied Genetics, 105(1): 127-138.
Eshbaugh, W.H. 1980. The taxonomy of the genus Capsicum (Solanaceae). Phytologia, 47(3): 153-165.
Fathi, A., B. Ghareyazi, A. Haghnazari, M.R. Ghaffari,, S.M. Pirseyedi, S. Kadkhodaei, M.R. Naghavi and M. Mardi. 2008. Assessment of the genetic diversity of almond (Prunus dulcis) using microsatellite markers and morphological traits. Iranian Journal of Biotechnology, 6(2): 98-106.
Furan, M.A. and S. Yüce. 2009. Buğdayda Sarı Pasa Dayanıklı ve Duyarlı Bazı Çeşit ve Hatların SSR Analizleri. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, , 46 (1): 1-8.Göçmen, M. 2006.Biberde Phytphthora capsici’ye karşı dayanıklılıkta genotip x izolat interaksiyonu ve farklı dayanıklılık kaynaklarının karakterizasyonu. Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi, 159 s.
Gupta, M., Y.S. Chyi, J. Romero-Severson and J.L. Owen. 1994. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genomes using single primers of simple-sequence repeats. Theoretical and Applied Genetics, 89(7-8): 998-1006.
Gupta, P.K.andS. Rustgi. 2004. Molecular markers from the transcribed/expressed region of the genome in higher plants.Functional & Integrative Genomics, 4(3): 139-162.
Günay, A.2005. Sebze Yetistiriciliği-Cilt 2, Nadir Kitap Yayınları, 502 s.
Hulse-Kemp, A.M., H. Ashrafi, J. Plieske, J. Lemm, K. Stoffel, T. Hill, H. Luerssen, C.L. Pethiyagoda, C.T. Lawley, M.W. Ganal and A.V. Deynze. 2016. A HapMap leads to a Capsicum annuum SNP infinium array: a new tool for pepper breeding. Horticulture Research, 3, 16036.
Kang, B.C., S.H. Nahm, J.H. Huh, H.S. Yoo, J.W. Yu, M.H. Lee, B.D. Kim. 2001. An interspecific (Capsicum annuum ×C. chinese) F2 linkage map in pepper using RFLP and AFLP markers. Theoretical and Applied Genetics, 102(4): 531-539.
Karakurt, Y. and D.J. Huber. 2009. Purification and partial characterization of xyloglucan‐hydrolyzing enzymes from watermelon placental tissue. Journal of the Science of Food and Agriculture, 89(4): 645-652.
Karataş, A., D.T. Büyükdinç, A. İpek, M. Yağcıoğlu, K. Sönmez ve Ş.Ş. Ellialtıoğlu. 2017. Türkiye’de Fasulyede Yapılan Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyon Çalışmaları. Türk Bilimsel Derlemeler Dergisi, 10(1): 16-27.
Lee, J.M., S.H. Nahm, Y.M. Kim, B.D. Kim. 2004. Characterization and molecular genetic mapping of microsatellite loci in pepper. Theoretical and Applied Genetics, 108(4): 619-627.
Lefebvre, V., S. Pflieger, A. Thabuis, C. Caranta, A. Blattes, J.C. Chauvet, A.M. Daubèze, and A. Palloix. 2002. Towards the saturation of the pepper linkage map by alignment of three intraspecific maps including known-function genes. Genome, 45(5): 839-854.
Livingstone, K.D.,V.K. Lackney, J.R. Blauth, R.V. Wijk and M.K. Jahn. Genome Mapping in Capsicum and the Evolution of Genome Structure in the Solanaceae. Genetics, 152(3): 1183-1202.
Özbek, S.A.1947. Türkiye’de Armut Yetiştiriciliği ve Önemli Armut Çeşitlerimiz.Ankara Yüksek Ziraat Enstitüsü Basımevi, Ankara, 95 s.
Paran, I., E. Aftergoot and C. Shifriss. 1998. Variation in Capsicum annuum revealed by RAPD and AFLP markers. Euphytica, 99(3): 167-173.
Rao, G.U., A.B. Chaim, Y. Borovsky and I. Paran. 2003. Mapping of yield-related QTLs in pepper in an interspecific cross of Capsicum annuum and C. frutescens. Theoretical and Applied Genetics, 106(8): 1457-1466.
Rohlf, F.J. 1997. NTSYS-PC, Version 1.8. Exeter Software, Setauket, NY.
Röder, M.S. J. Plaschke, S.U. König, A. Börner, M.E. Sorrells, S.D. Tanksley and M.W. Ganal. 1995. Abundance, variability and chromosomal location of microsatellites in wheat. Molecular and General Genetics MGG, 246(3): 327-333.
Sürmeli, N., G. Beşirli, S. Başay, K. Kaynaş, S. Erdoğan, İ. Sönmez, M.U. Kasım, M. Göçmen. 2007. Yeni bir biber çeşidi “Sürmeli Biberi”. Bahçe, 36 (1-2): 61 – 75.
TÜİK. 2019.Biber üretim miktarı. http://www.tuik.gov.tr/Start.do . Erişim: Şubat, 2019.
Vural, H., D. Esiyok ve I. Duman.2000. Kültür Sebzeleri (Sebze Yetistirme), Ege Üniversitesi Basimevi, Izmir, 480 s.
Wagner H.W and K.M. Sefc. 1999. Identity 1.0. Centre for AppliedGenetics, University of Agricultural Sciences, Vienna.
Weising, K., B. Beyermann, J. Ramser, and Kahl, G. 1991. Plant DNA fingerprinting with radioactive and digoxigenated oligonucleotide probes complementary to simple repetitive DNA sequences. Electrophoresis, 12(2‐3): 159-169.
Wu, F., N.T. Eannetta, Y. Xu, R. Durrett, M. Mazourek, M.M. Jahn and S.D. Tanksley. 2009. A COSII genetic map of the pepper genome provides a detailed picture of synteny with tomato and new insights into recent chromosome evolution in the genus Capsicum. Theoretical and Applied Genetics, 118(7): 1279-1293.
Yi, G., J.M. Lee, S. Lee, D. Choi and B.D. Kim. 2006. Exploitation of pepper EST–SSRs and an SSR-based linkage map. Theoretical and Applied Genetics, 114(1): 113-130.
Yorgancilar, M., E. Yakişirve M. Tanur Erkoyuncu.2015. Moleküler Markörlerin Bitki Islahında Kullanımı. Bahri Dağdaş Bitkisel Araştırma Dergisi, 4(2): 1-12.

Year 2020, Volume: 57 Issue: 2, 185 - 191, 30.06.2020

Yaşar Karakurt Damla Güvercin Ezgi Cesur

https://doi.org/10.20289/zfdergi.614237

Cited By: 1

Abstract

References

Aktas, H., K. Abak and S. Sensoy. 2009. Genetic diversity in some Turkish pepper (Capsicum annuum L.) genotypes revealed by AFLP analyses. African Journal of Biotechnology, 8(18): 4378-4386.
Chaim, A.B., I. Paran, R.C. Grube, M. Jahn, R.V. Wijk and J. Peleman. 2001. QTL mapping of fruit-related traits in pepper (Capsicum annuum). Theoretical and Applied Genetics, 102(6-7): 1016-1028.
Dice, L.R. 1945. Measures of the amount of ecologic association between species. Ecology, 26(3): 297-302.
Dirlewanger, E., P.Cosson, M. Tavaud, M. Aranzana, C.Poizat, A. Zanetto, P. Arús and F. Laigret. 2002. Development of microsatellite markers in peach [Prunus persica (L.)Batsch] and their use in genetic diversity analysis in peach and sweet cherry (Prunus avium L.). Theoretical and Applied Genetics, 105(1): 127-138.
Eshbaugh, W.H. 1980. The taxonomy of the genus Capsicum (Solanaceae). Phytologia, 47(3): 153-165.
Fathi, A., B. Ghareyazi, A. Haghnazari, M.R. Ghaffari,, S.M. Pirseyedi, S. Kadkhodaei, M.R. Naghavi and M. Mardi. 2008. Assessment of the genetic diversity of almond (Prunus dulcis) using microsatellite markers and morphological traits. Iranian Journal of Biotechnology, 6(2): 98-106.
Furan, M.A. and S. Yüce. 2009. Buğdayda Sarı Pasa Dayanıklı ve Duyarlı Bazı Çeşit ve Hatların SSR Analizleri. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, , 46 (1): 1-8.Göçmen, M. 2006.Biberde Phytphthora capsici’ye karşı dayanıklılıkta genotip x izolat interaksiyonu ve farklı dayanıklılık kaynaklarının karakterizasyonu. Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Doktora Tezi, 159 s.
Gupta, M., Y.S. Chyi, J. Romero-Severson and J.L. Owen. 1994. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse genomes using single primers of simple-sequence repeats. Theoretical and Applied Genetics, 89(7-8): 998-1006.
Gupta, P.K.andS. Rustgi. 2004. Molecular markers from the transcribed/expressed region of the genome in higher plants.Functional & Integrative Genomics, 4(3): 139-162.
Günay, A.2005. Sebze Yetistiriciliği-Cilt 2, Nadir Kitap Yayınları, 502 s.
Hulse-Kemp, A.M., H. Ashrafi, J. Plieske, J. Lemm, K. Stoffel, T. Hill, H. Luerssen, C.L. Pethiyagoda, C.T. Lawley, M.W. Ganal and A.V. Deynze. 2016. A HapMap leads to a Capsicum annuum SNP infinium array: a new tool for pepper breeding. Horticulture Research, 3, 16036.
Kang, B.C., S.H. Nahm, J.H. Huh, H.S. Yoo, J.W. Yu, M.H. Lee, B.D. Kim. 2001. An interspecific (Capsicum annuum ×C. chinese) F2 linkage map in pepper using RFLP and AFLP markers. Theoretical and Applied Genetics, 102(4): 531-539.
Karakurt, Y. and D.J. Huber. 2009. Purification and partial characterization of xyloglucan‐hydrolyzing enzymes from watermelon placental tissue. Journal of the Science of Food and Agriculture, 89(4): 645-652.
Karataş, A., D.T. Büyükdinç, A. İpek, M. Yağcıoğlu, K. Sönmez ve Ş.Ş. Ellialtıoğlu. 2017. Türkiye’de Fasulyede Yapılan Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyon Çalışmaları. Türk Bilimsel Derlemeler Dergisi, 10(1): 16-27.
Lee, J.M., S.H. Nahm, Y.M. Kim, B.D. Kim. 2004. Characterization and molecular genetic mapping of microsatellite loci in pepper. Theoretical and Applied Genetics, 108(4): 619-627.
Lefebvre, V., S. Pflieger, A. Thabuis, C. Caranta, A. Blattes, J.C. Chauvet, A.M. Daubèze, and A. Palloix. 2002. Towards the saturation of the pepper linkage map by alignment of three intraspecific maps including known-function genes. Genome, 45(5): 839-854.
Livingstone, K.D.,V.K. Lackney, J.R. Blauth, R.V. Wijk and M.K. Jahn. Genome Mapping in Capsicum and the Evolution of Genome Structure in the Solanaceae. Genetics, 152(3): 1183-1202.
Özbek, S.A.1947. Türkiye’de Armut Yetiştiriciliği ve Önemli Armut Çeşitlerimiz.Ankara Yüksek Ziraat Enstitüsü Basımevi, Ankara, 95 s.
Paran, I., E. Aftergoot and C. Shifriss. 1998. Variation in Capsicum annuum revealed by RAPD and AFLP markers. Euphytica, 99(3): 167-173.
Rao, G.U., A.B. Chaim, Y. Borovsky and I. Paran. 2003. Mapping of yield-related QTLs in pepper in an interspecific cross of Capsicum annuum and C. frutescens. Theoretical and Applied Genetics, 106(8): 1457-1466.
Rohlf, F.J. 1997. NTSYS-PC, Version 1.8. Exeter Software, Setauket, NY.
Röder, M.S. J. Plaschke, S.U. König, A. Börner, M.E. Sorrells, S.D. Tanksley and M.W. Ganal. 1995. Abundance, variability and chromosomal location of microsatellites in wheat. Molecular and General Genetics MGG, 246(3): 327-333.
Sürmeli, N., G. Beşirli, S. Başay, K. Kaynaş, S. Erdoğan, İ. Sönmez, M.U. Kasım, M. Göçmen. 2007. Yeni bir biber çeşidi “Sürmeli Biberi”. Bahçe, 36 (1-2): 61 – 75.
TÜİK. 2019.Biber üretim miktarı. http://www.tuik.gov.tr/Start.do . Erişim: Şubat, 2019.
Vural, H., D. Esiyok ve I. Duman.2000. Kültür Sebzeleri (Sebze Yetistirme), Ege Üniversitesi Basimevi, Izmir, 480 s.
Wagner H.W and K.M. Sefc. 1999. Identity 1.0. Centre for AppliedGenetics, University of Agricultural Sciences, Vienna.
Weising, K., B. Beyermann, J. Ramser, and Kahl, G. 1991. Plant DNA fingerprinting with radioactive and digoxigenated oligonucleotide probes complementary to simple repetitive DNA sequences. Electrophoresis, 12(2‐3): 159-169.
Wu, F., N.T. Eannetta, Y. Xu, R. Durrett, M. Mazourek, M.M. Jahn and S.D. Tanksley. 2009. A COSII genetic map of the pepper genome provides a detailed picture of synteny with tomato and new insights into recent chromosome evolution in the genus Capsicum. Theoretical and Applied Genetics, 118(7): 1279-1293.
Yi, G., J.M. Lee, S. Lee, D. Choi and B.D. Kim. 2006. Exploitation of pepper EST–SSRs and an SSR-based linkage map. Theoretical and Applied Genetics, 114(1): 113-130.
Yorgancilar, M., E. Yakişirve M. Tanur Erkoyuncu.2015. Moleküler Markörlerin Bitki Islahında Kullanımı. Bahri Dağdaş Bitkisel Araştırma Dergisi, 4(2): 1-12.

There are 30 citations in total.

Details

Primary Language	Turkish
Subjects	Engineering
Journal Section	Articles
Authors	Yaşar Karakurt 0000-0003-3914-0652 Damla Güvercin 0000-0002-6639-3818 Ezgi Cesur This is me 0000-0001-9954-8719
Publication Date	June 30, 2020
Submission Date	September 2, 2019
Acceptance Date	October 22, 2019
Published in Issue	Year 2020 Volume: 57 Issue: 2

Cite

APA	Karakurt, Y., Güvercin, D., & Cesur, E. (2020). Biber (Capsicum annuumL.) Genotiplerinin SSR Markörleri ile Genetik Karakterizasyonu. Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, 57(2), 185-191. https://doi.org/10.20289/zfdergi.614237