It was aimed to investigate the active ingredients limonin, quercetin and kaempferol in propolis against SARS-CoV-2 main protease(MPro) using in silico methods. Absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) screening of ligands assists US to state their absorption properties, toxicity, and drug-likeness. Ligand molecules obtained from PubChem in smiles format were loaded on SWISSADME and PROTOX-II webservers for ADMET screening. The three compounds in propolis were obtained from the PubChem database. Compounds were located at the active site of the SARS-CoV-2 MPro receptor with PDB ID:6LU7. Molecular docking work was done with Autodock program. Molecular docking results were found as -8.7 kcal/mol in limonin, -7.5 kcal/mol in quercetin and -7.7 kcal/mol in kaempferol. In silico ADMET estimation showed they have a potential for antiviral therapy. In conclusion, we thought that propolis active components limonin, quercetin and kaempferol have the potential to be a SARS CoV-2 MPro inhibitor.
Propolisin aktif bileşikleri olan limonin, quercetin ve kaempferol'ü SARS-CoV-2 ana proteaza (MPro) karşı in silico yöntemlerle araştırması amaçlandı. Ligandların absorpsiyon, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite (ADMET) taraması, absorpsiyon özelliklerini, toksisitesini ve ilaca benzerliğini belirtmesine yardımcı olur. PubChem'den smiless formatında elde edilen ligand molekülleri, ADMET taraması için SWISSADME ve PROTOX-II web sunucularına yüklendi. Propolisteki üç bileşik, PubChem veritabanından elde edildi. Bileşikler, PDB ID:6LU7 ile SARS-CoV-2 MPro reseptörünün aktif bölgesine yerleştirildi. Autodock programı ile moleküler yerleştirme çalışması yapıldı. Moleküler yerleştirme sonuçları limoninde -8,7 kcal/mol, quercetin'de -7,5 kcal/mol ve kaempferol'de -7,7 kcal/mol olarak bulundu. In silico ADMET tahmini, antiviral tedavi potansiyeline sahip olduklarını gösterdi. Sonuç olarak, propolis aktif bileşenleri limonin, quercetin ve kaempferol'ün SARS CoV-2 MPro inhibitörü olma potansiyeline sahip olabileceği düşünülmektedir.
Birincil Dil | İngilizce |
---|---|
Konular | Yapısal Biyoloji |
Bölüm | ARAŞTIRMA MAKALESİ (Research Article) |
Yazarlar | |
Erken Görünüm Tarihi | 13 Ekim 2023 |
Yayımlanma Tarihi | 28 Şubat 2024 |
Gönderilme Tarihi | 26 Mart 2022 |
Kabul Tarihi | 22 Ağustos 2022 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2024Cilt: 27 Sayı: 1 |
2022-JIF = 0.500
2022-JCI = 0.170
Uluslararası Hakemli Dergi (International
Peer Reviewed Journal)
Dergimiz, herhangi bir başvuru veya yayımlama ücreti almamaktadır. (Free submission and publication)
Yılda 6 sayı yayınlanır. (Published 6 times a year)
Bu web sitesi Creative Commons Atıf 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.