Amik Ovası Havuç Ekim Alanlarında Sorun Olan Fungal ve Bakteriyel Hastalık Etmenlerin Belirlenmesi

Soner Soylu; Merve Kara; Aysun Uysal; Şener Kurt; Emine Mine Soylu; İlhan Üremiş; Erdal Sertkaya; İmam Adem Bozkurt; Murat Ozturk

doi:10.18016/ksutarimdoga.vi.1015936

EN TR

Determination of Fungal and Bacterial Diseases Agents Encountered in Carrot Growing Fields in Amik Plain of Turkey

Abstract

Carrot [Daucus carota L.] is one of the most consumed healthy vegetables worldwide due to its vitamins, amino acids and high nutritional content. Fungal and bacterial disease agents, encountered in the fields where carrots are grown in the Amik Plain of Hatay province, were determined during 2018-2019 growing season. Disease surveys were carried out at three different phenological stages of the plant. Different fungal and bacterial disease agents were isolated and subsequently identified from diseased leaves, stems and fruits. In addition to the disease symptoms in the form of transverse brown dry depressions on carrot fruits, from the brown-black spots on the leaves and stems, Alternaria dauci, A. alternata, Rhizoctonia solani, R. carotae, Botrytis cinerea, Sclerotinia sclerotiorum, Geotrichum candidum, Pythium spp., Fusarium bra. equiseti, F. proliferatum and F. solani species were obtained and identified as a result of molecular and MALDI-TOF protein profile analyzes as well as their morphological features. Powdery mildew caused by Erysiphe heraclei was also determined in the surveyed area. By the bacterial isolates obtained from carrot showing soft rot symptoms, major soft rot disease agents, such as Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum and Pseudomonas corrugata and opportunistic soft rot disease agents, such as P. marginalis, P. fluorescens, P. mediterranea, P. veronii, Erwinia rhapontici, E. persicina, Enterobacter cloacae, Lelliottia amnigena, Rahnella aquatilis, Pantoea agglomerans, were identified by using MALDI-TOF analyses. To the best of our knowledge, this is the first report in which fungal disease agent Fusarium brachygibbosum and all soft rotting bacterial disease agents were determined at species level on carrot roots growing in Turkey.

Keywords

Amik Ovası Havuç Ekim Alanlarında Sorun Olan Fungal ve Bakteriyel Hastalık Etmenlerin Belirlenmesi

Öz

Havuç [Daucus carota L.], içermiş olduğu vitamin, amino asitler ve yüksek besin içeriği nedeni ile Dünya genelinde en fazla tüketilen sağlıklı sebzelerden biridir. Bu çalışmada 2018-2019 yetiştirme sezonunda Hatay ilinde havuç yetiştiriciliğinin yapıldığı Amik Ovası’nda yer alan tarlalarda karşılaşılan fungal ve bakteriyel hastalık etmenlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Hastalık sürveyleri bitkinin 3 farklı fenolojik döneminde gerçekleştirilmiştir. Hastalık belirtisi gösteren şüpheli bitkilerin yaprak, gövde ve meyvelerinden yapılan izolasyonlarda farklı türlere ait fungal ve bakteriyel izolatlar elde edilmiştir. Havuç meyvelerinde enine kahverengi kuru çöküntü şeklindeki hastalık belirtilerinin yanısıra yaprak ve gövdelerde görülen kahverengi-siyah lekelerden Alternaria dauci, A. alternata, Rhizoctonia solani, R. carotae, Botrytis cinerea, Sclerotinia sclerotiorum, Geotrichum candidum, Pythium spp., Fusarium brachygibbosum, F. equiseti, F. proliferatum ve F. solani türlerine ait fungal izolatları elde edilmiş olup yapılan morfolojik özelliklerinin yanısıra, moleküler ve MALDI-TOF protein profil analizleri sonucu tanılanmışlardır. Bölgede Erysiphe heraclei tarafından neden olunan külleme hastalığı da belirlenmiştir. Yumuşak çürüklük belirtileri gösteren havuç meyvelerinden yapılan izolasyonlardan elde edilen saf izolatların MALDI-TOF analiz sonuçlarına göre ise yumuşak çürüklük hastalığı etmenleri Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ve Pseudomonas corrugata’nın yanısıra sekonder fırsatçı (oppurtunistic) yumuşak çürüklük hastalığı etmenleri olan P. marginalis, P. fluorescens, P. mediterranea, P. veronii, Erwinia rhapontici, E. persicina, Enterobacter cloacae, Lelliottia amnigena, Rahnella aquatilis ve Pantoea agglomerans gibi bakteriyel hastalık etmenleri belirlenmiştir. Bilindiği kadarı ile tespit edilen fungal etmenlerden F. brachygibbosum ile tanılanan bakteriyel hastalık etmenlerin tamamı ülkemizde havuçta hastalığa neden olduğu ilk kez bu çalışma ile tespit edilmiştir.

Anahtar Kelimeler

Supporting Institution

Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi, Bilimsel Araştırma Projeleri Komisyonu

Project Number

BAP-18.M.069

References

Achbani EH, Sadik S, El Kahkahi R, Benbouazza A, Mazouz H 2014. First report on Pseudomonas marginalis bacterium causing soft rot of onion in Morocco. Atlas Journal of Biology 3: 218-223.
Aktan ZC, Soylu S, 2020. Diyarbakır ilinde yetişen badem ağaçlarından endofit ve epifit bakteri türlerinin izolasyonu ve bitki gelişimini teşvik eden mekanizmalarının karakterizasyonu. KSÜ Tarım ve Doğa Dergisi 23: 641-654.
Anonim 2020. TUİK, Bitkisel Üretim İstatistikleri-Türkiye İstatistik Kurumu. https://biruni.tuik. gov.tr/medas/?kn=92&locale=tr. (Erişim Tarihi 15.08.2021)
Anonymous 2019. FAOSTAT-Agriculture Database, Crops and livestock products. https://www.fao.org/ faostat/ en/#data/QCL/visualize. (Acces Date: 15.08.2021)
Bıyıktay İ 2018. Kırıkhan ilçesinde siyah havuçta farklı ekim zamanlarının verim ve kaliteye etkisi. Yüksek Lisans Tezi, Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı, 51 s.
Bora T, Karaca İ 1970. Kültür Bitkilerinde Hastalık ve Zararlıların Ölçülmesi. Ege Üniversitesi, Ziraat Fakültesi Yardımcı Ders Kitabı Yayın No: 167, İzmir, 43s.
Bruehl GW 1987. Soilborne Plant Pathogens. Macmillan, New York.
Çabuk TŞ 2014. Ankara İli Havuç (Daucus carota L. subsp. sativus) Üretim Alanlarında Verimi Ve Kaliteyi Olumsuz Yönde Etkileyen Sistemik Hastalıkların Araştırılması. Yüksek Lisans Tezi, Namık Kemal Üniversitesi, Fen Bilimleri Enst. Bitki Koruma ABD, 51 sayfa.

Demir G 1990. The occurrence of Pseudomonas corrugata on tomatoes in Turkey. Journal of Turkish Phytopathology 19: 63-70.
Domsch KH, Gams W, Anderson TH 1980. Compedium of soil fungi. Academic Press, London; 859 p. Ellis MB 1971. Dematious Hypomycetes. Commenwealth Mycol. England, 608.
Ellis MB, Holliday P 1972. Alternaria radicina. [Descriptions of Fungi and Bacteria]. Descriptions of Fungi and Bacteria, (No. 35): Sheet 346.
El-Tarabily KA, Hardy GESTJ, Sivasithamparam K 1996. Association of Pythium coloratum and Pythium sulcatum with cavity spot disease of carrots in Western Australia. Plant Pathology 45: 727-735.
Farrar JJ, Pryor BM, Davis RM 2004. Alternaria diseases of carrot. Plant Disease 88: 776-784.
García-González T, Sáenz-Hidalgo HK, Silva-Rojas HV, Morales-Nieto C, Vancheva T, Koebnik R, Ávila-Quezada GD 2018. Enterobacter cloacae, an emerging plant-pathogenic bacterium affecting chili pepper seedlings. Plant Pathology Journal 34(1): 1-10.
Godfrey S, Marshall J 2002. Identification of cold-tolerant Pseudomonas viridiflava and P. marginalis causing severe carrot postharvest bacterial soft rot during refrigerated export from New Zealand. Plant Pathology 51: 155-162.
Hausdorf L, Fröhling A, Schlüter O, Klocke M 2011. Analysis of the bacterial community within carrot wash water. Canadian Journal of Micobiology 57: 447-452.
Huang HC, Hsieh TF, Erickson RS 2003. Biology and epidemiology pf Erwinia rhapontici, causal agent of pink seed and crown rot of plants. Plant Pathology Bulletin 12: 69-76.
İmriz G, Çınar 2015. ELISA-based and traditional diagnosis methods for identification of Pseudomonas cichorii and Pseudomonas corrugata causing pith necrosis on tomato plants. Journal of Bahri Dagdas Crop Research 3 (1):7-13.
Kara M., Soylu EM 2020. Assessment of glucosinolate-derived isothiocyanates as potential natural antifungal compounds against citrus sour rot disease agent Geotrichum citri-aurantii.Journal of Phytopathology 168: ‏ 279-289
Koike ST, Gladders P, Paulus AO 2007. Vegetable Diseases: A Colour Handbook. Manson Publishing, London, pp 95-115.
Kurt S, Soylu EM, Soylu S, Tok FM 2004a. First report of crater rot caused by Rhizoctonia carotae on carrots in Turkey. Plant Pathology 54: 251-252.
Kurt S, Soylu EM, Soylu S, Tok FM 2004b. Determination of causal disease agent on carrot plant growing in Amik Plane. Turkey 1st Plant Protection Congress Proceedings 8-10 September, Samsun, pp 193.
Kurt Ş, Soylu S, Uysal A, Soylu EM, Kara M 2020. Ceviz gövde kanseri hastalığı etmeni Botryosphaeria dothidea’nın tanılanması ve bazı fungisitlerin hastalık etmenine karşı in vitro antifungal etkinliklerininin belirlenmesi. Mustafa Kemal Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi 25: 46-56.
Lampert Y, Dror B, Sela N, Teper-Bamnolker P, Daus A, Sela S, Eshel D 2017. Emergence of Leuconostoc mesenteroides as a causative agent of oozing in carrots stored under non-ventilated conditions. Microbial Biotechnology 10: 1677-1689.
Lane DJ 1991. 16S/23S rRNA sequencing. (Nucleic acid techniques in bacterial systematics. New York: John Wiley and Sons. Eds. Stackebrandt E, Goodfellow M) pp 115-175.
Lelliot RA, Stead DE 1987. Methods for the diagnosis of bacterial diseases of plants. (Methods in plant pathology, Vol 2, Oxford: Blackwell Scientific Publications: ed. Preece TF). pp 176-177.
Leslie JF, Summerell BA 2006. The Fusarium Laboratory Manual. Oxford: Blackwell publishing, p 388.
Marziano F, Nanni F, Scalcione M, Noviello C 1992. Fusarium solani and F. avenaceum as causal agents of a post - harvest rot of carrots. Informatore Fitopatogico 42(7–8): 57–63.
Mikiciński A, Sobiczewski P, Sulikowska M, Puławska J, Treder J 2010. Pectolytic bacteria associated with soft rot of Calla Lily (Zantedeschia spp.) tubers. Journal of Phytopathology 158: 201-209
Mirhosseini HA, Babaeizad V, Hashemi L 2014. First report of Fusarium brachygibbosum causing leaf spot on oleander in Iran. Journal of Plant Pathology 96 (2): 431.
Munro DB., Small E 1997. Vegetables of Canada. National Research Council, Ottowa, Ontorio.
Öztürk M, Soylu S 2022a. Yozgat ili beyaz baş lahana üretim alanlarında bakteriyel yumuşak çürüklük hastalığına neden olan Pectobacterium izolatlarının tanılanması. KSÜ Tarım ve Doğa Dergisi 25 (3): 495-503.
Öztürk M, Soylu S 2022b. Yozgat ve Kırşehir illerinde tüketime sunulmuş patates yumrularında bakteriyel yumuşak çürüklük etmeni Pectobacterium izolatlarının izolasyonu ve tanılanması. Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi, 19 (2): 332-342.
Panda A, Kurapati S, Samantaray JC, Myneedu VP, Verma A, Srinivasan A, Ahmad H, Behera D, Singh UB 2013. Rapid identification of clinical mycobacterial isolates by protein profiling using matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. Indian Journal of Medical Microbiology 31: 117-122.
Pavlovic M, Konrad R, Iwobi AN, Sing A, Busch U, Huber I 2012. A dual approach employing MALDI-TOF MS and real-time PCR for fast species identification within the Enterobacter cloacae complex. FEMS Microbiology Letters 328: 46–53.
Raid RN 2006. Florida Plant Disease Management Guide: Carrot (Daucus carota) http://edis.ifas. ufl.edu/pg043 -FOOTNOTE_2#FOOTNOTE_2. (Alınma Tarihi: 02.06.2018).
Renteria-Martinez ME, Meza-Moller A, Guerra-Camacho MA, Romo-Tamayo F, Ochoa-Meza A, Moreno-Salazar SF, 2015. First report of watermelon wilting caused by Fusarium brachygibbosum in Sonora, Mexico. Plant Disease 99 (5): 729.
Rubatzky VE 2002. Origin and domestication of carrot. (Compendium of Umbelliferous Crop Diseases. American Phytopathological Society, St. Paul: Eds. Davis MNRM,. Raid RN) Pages 1-3
Rubatzky VE, Quiros CF, Simon PW 1999. Carrots and related Vegetable Umblifera. CAB Publishing Company, p 294.
Safadi B 2008. Characterization and distribution of Daucus species in Syria. Biologia 63 (2): 177-182.
Saleeb PG, Drake SK, Murray PR, Zelazny AM 2011. Identification of mycobacteria in solid-culture media by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry. Journal of Clinic Microbiology 49: 1790-1794.
Shan LY, Cui WY, Zhang DD, Zhang J, Ma N N, Bao YM, Dai XF, Guo W 2017. First report of Fusarium brachygibbosum causing maize stalk rot in China. Plant Disease 101 (5): 837-838.
Singhal N, Kumar M, Kanaujia PK, Virdi JS 2015. MALDI-TOF mass spectrometry: an emerging technology for microbial identification and diagnosis. Frontiers in Microbiology 6: 791.
Snowdown AL 1991. A. Colour Atlas of Postharvest Diseases and Disorders of Fruit and Vegetables General Introdiction and Fruits. Wolfe Scientific Ltd, pp 11-53.
Soylu EM, Soylu S, Kara M, Kurt Ş 2020. Sebzelerde sorun olan önemli bitki fungal hastalık etmenlerine karşı vermikomposttan izole edilen mikrobiyomların in vitro antagonistik etkilerinin belirlenmesi. KSÜ Tarım ve Doğa Dergisi 23: 7-18.
Soylu S, Kara M, Toketti O, Soylu EM, Uysal A, Kurt Ş 2021. Konya ilinde yetiştirilen patates yumrularında lastik çürüklük hastalık etmeni Geotrichum candidum’un izolasyonu, morfolojik ve moleküler karakterizasyonu. KSÜ Tarım ve Doğa Dergisi 24: 353-361.
Soylu S, Kurt Ş, Soylu EM, Tok FM 2005. First report of Alternaria leaf blight caused by Alternaria dauci on carrot in Turkey. Plant Pathology 54:252
Stack AJ, Yaghmour MA, Kirkpatrick SC, Gordon TR, Bostock RM 2017. First report of Fusarium brachygibbosum causing cankers in cold-stored, bare-root propagated almond trees in California. Plant Disease 101 (2): 390
Tirado-Ramírez MA, López-Orona CA, Díaz-Valdés T, Velarde-Félix S, Martínez-Campos AR, Romero-Gómez SJ, Retes-Manjarrez JE 2019. First report of basal rot of onion caused by Fusarium brachygibbosum in Sinaloa, Mexico. Plant Disease 103 (3): 582.
Tülek S 2010. Ankara ili havuç alanlarında görülen fungal hastalıkların belirlenmesi ve yaygınlık oranlarının saptanması. Yüksek Lisans Tezi, Ankara Üniversitesi, Fen Bilimleri Enst. Bitki Koruma ABD, 79 sayfa.
Üremiş İ, Soylu S, Kurt Ş, Soylu EM, Sertkaya E 2020. Hatay ili havuç ekim alanlarında bulunan yabancı ot türleri, yaygınlıkları, yoğunlukları ve durumlarının değerlendirilmesi. Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi 17: 211-228.
Uysal N 2012. Konya Ili Kadınhanı Kasabasındaki Havuç Depolarında Görülen Fitopatolojik Sorunlar. Yüksek Lisans Tezi, Selçuk Üniversitesi, Fen Bilimleri Enst. Bitki Koruma ABD, 99 sayfa.
White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor JW 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. (PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. New York: Academic Press Inc; Eds. Innis MA, Gelfand DH, Sninsky JJ, White TJ) pp. 315–322.
Xia B, Hu JY, Zhu XF, Liang Y, Ren X, Wu YH, Chen DX 2018. First report of sunflower broomrape wilt caused by Fusarium brachygibbosum in China. Plant Disease 102 (11): 2372.
Yanmaz R 1994. Havuç yetiştiriciliği. Standard Dergisi 34: 21-22.

Details

Primary Language

Turkish

Subjects

Agricultural, Veterinary and Food Sciences

Journal Section

Research Article

Authors

Soner Soylu ^*
0000-0003-1002-8958
Türkiye

Merve Kara
0000-0001-7320-3376
Türkiye

Aysun Uysal
0000-0002-9067-285X
Türkiye

Şener Kurt
0000-0003-4545-5968
Türkiye

Emine Mine Soylu
0000-0001-5961-0848
Türkiye

İlhan Üremiş
0000-0001-5937-9244
Türkiye

Erdal Sertkaya
0000-0001-9956-943X
Türkiye

İmam Adem Bozkurt
0000-0002-4826-0317
Türkiye

Murat Ozturk
0000-0002-9677-3651
Türkiye

Publication Date

December 30, 2022

Submission Date

October 28, 2021

Acceptance Date

December 13, 2021

Published in Issue

Year 2022 Volume: 25 Number: 6

DOI

https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1015936

IZ

https://izlik.org/JA72YW76HC

Cite

RIS / Bibtex

APA

Soylu, S., Kara, M., Uysal, A., Kurt, Ş., Soylu, E. M., Üremiş, İ., Sertkaya, E., Bozkurt, İ. A., & Ozturk, M. (2022). Amik Ovası Havuç Ekim Alanlarında Sorun Olan Fungal ve Bakteriyel Hastalık Etmenlerin Belirlenmesi. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım Ve Doğa Dergisi, 25(6), 1326-1340. https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1015936

Cited By

Determination of fungal and bacterial microbiota of broomrape species found in their major host plants grown in Hatay province of Türkiye

Mustafa Kemal Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi

https://doi.org/10.37908/mkutbd.1516441

Identification of Bacterial Isolates with Antagonistic Activity Against Pseudomonas syringae pv. atrofaciens, the Causal Agent of Basal Glume Rot in Wheat, and Their Plant Growth-Promoting Traits

Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi

https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1756518

Amik Ovası Havuç Ekim Alanlarında Sorun Olan Fungal ve Bakteriyel Hastalık Etmenlerin Belirlenmesi

Determination of Fungal and Bacterial Diseases Agents Encountered in Carrot Growing Fields in Amik Plain of Turkey

Abstract

Keywords

Amik Ovası Havuç Ekim Alanlarında Sorun Olan Fungal ve Bakteriyel Hastalık Etmenlerin Belirlenmesi

Öz

Anahtar Kelimeler

Supporting Institution

Project Number

References

Details

Primary Language

Subjects

Journal Section

Authors

Publication Date

Submission Date

Acceptance Date

Published in Issue

DOI

IZ

Cite

Cited By

Determination of fungal and bacterial microbiota of broomrape species found in their major host plants grown in Hatay province of Türkiye

Determination of antifungal effects of boron products against fungal disease agents causing rots in carrots

Plant parasitic nematodes and their population densities determined in important crop plants in Hatay province, Türkiye

Isolation, Identification, and In Vitro Biological Control of Olive Knot Disease Agent With Antagonist Bacillus spp.

Multi-Criteria Decision-Making for Tractor Selection in Agricultural Mechanization

Identification of Bacterial Isolates with Antagonistic Activity Against Pseudomonas syringae pv. atrofaciens, the Causal Agent of Basal Glume Rot in Wheat, and Their Plant Growth-Promoting Traits