Characterization of Diaporthe ampelina isolates and their Sensitivity to Hot-Water Treatments and Fungicides in in vitro

Diaporthe ampelina (=Phomopsis viticola) dünyadaki üzüm yetiştirilen ülkelerde hem sürgün/yaprak lekesi hem de odun kangrenine neden olan en önemli patojenlerden biridir. Bu araştırmada, 23 D. ampelina izolatının morfolojik, moleküler ve patojenik karakterizasyonu çalışılmış ve bunların bağcılıkta kullanılan bazı fungisitlere ve sıcak su uygulamalarına karşı duyarlılığı test edilmiştir. Morfolojik olarak izolatlar, “W” tipi ya da “G” tipi koloni görünümleri ve mikroskobik özelliklerine göre gruplandırılmıştır. Moleküler karakterizasyonda beta-tubulin, calmodulin ve translation elongation factor (tef1-α) gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. Nükleotid dizileri NCBI-BLAST yazılımı kullanarak analiz edilmiş, gen bankasına kaydedilmiş ve tür tanısı doğrulanmıştır. Miseliyal canlılık sıcak su uygulamalarına karşı (46–50°C’de 30-45 dk.) santrifüj tüplerinde test edilmiş ve termal inaktivasyon noktası saptanmıştır. Bu aynı zamanda in vitro’da bazı fungisitlere karşı (azoxystrobin, boscalid, cyprodinil, tebuconazole, azoxystrobin + cyproconazole + tebuconazole, cyprodinil + fludioxonil, azoxystrobin + tebuconazole and fludioxonil) test edilmiş ve EC50 değerleri hesaplanmıştır. Morfolojik ve moleküler çalışma sonuçları tüm izolatların D. ampelina olduğunu ve bunların asma odunsu dokularında patojen olduklarını göstermiştir. “W” tipi izolatların termal inaktivasyonu 48°C-30 dakikalık sıcak su uygulamasıyla sağlanmıştır. Bu uygulama “G” tipi izolatların koloni büyümesini azaltmasına rağmen tamamen inhibe etmemiş, tam eradikasyona ulaşmak için 48°C-45 dakikalık uygulamaya gerek duyulmuştur. Fungisit duyarlılığı ele alındığında, fludioxonil ve tebuconazole içeren fungisitler fungusun miseliyal büyümesini baskılamada en etkili olmuşlardır. Ancak azoxystrobin, boscalid ve cyprodinil, fludioxonil ve tebuconazole ile kıyaslandığında güçlü bir inhibisyon sergileyememiştir.

Diaporthe ampelina (=Phomopsis viticola) is one of the most important pathogens causing both cane/leaf spot and wood canker diseases in grape growing countries in the world. In this research, morphological, molecular and pathogenic characterization of 23 D. ampelina isolates were studied and their sensitivity was tested against hot-water treatments and some of the fungicides used in vineyards. Morphologically, the isolates were grouped according to “W type” and “G type” colony appearance and microscopic features. In molecular characterization, beta-tubulin, calmodulin and translation elongation factor (tef1-α) gene regions were amplified with PCR. The nucleotide sequences were analyzed using NCBI-BLAST search and recorded in GenBank, through which species identity was also confirmed. Mycelial viability was tested against hot-water treatments (46 – 50°C for 30 and 45 min) in centrifuge tubes and thermal inactivation point was determined. It was also tested against some of the fungicides (azoxystrobin, boscalid, cyprodinil, tebuconazole, azoxystrobin + cyproconazole + tebuconazole, cyprodinil + fludioxonil, azoxystrobin + tebuconazole and fludioxonil) in vitro and EC50 values were calculated. The morphological and molecular study results showed that all the isolates were D. ampelina and they were pathogenic on wood tissues of vines. Thermal inactivation of “W type” isolates was ensured at 48°C-30 min hot-water treatments. Although this treatment also reduced colony growth of “G type” isolates, it did not inhibit it completely and 48°C-45 min treatment was needed to reach full eradication. Considering fungicide sensitivity, fludioxonil or tebuconazole containing fungicides were the most effective in suppressing the mycelial growth of the fungus. However, azoxystrobin, boscalid, cyprodinil could not perform a strong inhibition when compared to fludioxonil and tebuconazole.