The Detection of Crown Gall Disease Caused by Rhizobium Vitis in Kahramanmaras and Surrounding Provinces

Ceyda Ceyhan Başaran; Mustafa Küsek

doi:10.18016/ksutarimdoga.vi.1414216

Araştırma Makalesi

The Detection of Crown Gall Disease Caused by Rhizobium Vitis in Kahramanmaras and Surrounding Provinces

Yıl 2024, Cilt: 27 Sayı: 5, 1069 - 1079

Ceyda Ceyhan Başaran Mustafa Küsek

https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1414216

Öz

The study aims to isolate the bacterial disease agent Rhizobium vitis causing crown gall of grapevine in Kahramanmaraş and its surrounding provinces, determine its prevalence in the region, and conduct its identification. Between June and September of 2017-2019, strains obtained from the shoots and galls of vines showing symptoms of galls in vineyards in Kahramanmaraş, Adıyaman, Kilis, Gaziantep, and Şanlıurfa provinces were subjected to pathogenicity tests, classical, molecular, and MALDI-TOF MS identification. In this study, the prevalence of crown gall disease in 46 vineyards showing disease symptoms was determined as follows: Kahramanmaraş 76.47%, Adıyaman 75%, Gaziantep 50%, Kilis 33.33%, and Şanlıurfa 20%. From the 46 contaminated vineyards in the study area, 24 pathogenic Rhizobium vitis strains were obtained. In the pathogenicity test conducted with R. Vitis strains on the Hatun Parmağı grape variety under greenhouse conditions, the most virulent strains were determined based on the weights of the galls formed, and they were identified as CU52-3/2, CU39-11/5, and CU39-8/1. According to classical tests, 13 strains showed 100% similarity to R. vitis, while molecular characterization with R. vitis-specific primers revealed that 17 strains had the virA gene, 13 strains had the pehA gene, 10 strains had the virF gene, and 6 strains had the octopine-type plasmid. Ten strains, representing the sample, were identified as R. vitis through MALDI-TOF MS analysis. This study revealed the impact of pathogenic strains with different virulences on the same grape variety. In line with this, control methods against highly virulent bacterial agents in reducing losses in plants can be investigated for their applicability in field and orchard areas in subsequent studies. Research on different grape varieties is essential to develop varieties that are resistant or tolerant to R. vitis, the pathogen causing this prevalent disease in Turkish viticulture.

Anahtar Kelimeler

Crown gall disease, Rhizobium vitis, Moleculer identification, MALDI-TOFF MS

Destekleyen Kurum

Kahramanmaraş Sütçü İmam University Scientific Research Project Commission Unit (Project no: 2020/7-13 D)

Teşekkür

We express our thanks for the support of Kahramanmaraş Sütçü İmam University (Project no: 2020/7-13 D) and Prof. Dr. Soner SOYLU and Res. Asst. Dr. Aysun Uysal in the Plant Health Clinic Application and Research Center of Hatay Mustafa Kemal University.

Kaynakça

Akgül, D.S., Özyılmaz, Ü., Önder, S., Çelik, S., Soltekin, R.O., Benlioğlu, K. (2018). Susceptibility of Grapevine Cultivars and Rootstocks to Crown Gall Disease (Rhizobium vitis) in the Aegean Region of Turkey. Fresenius Environmental Bulletin, 27 (9), 6229-6238.
Aktan, ZC., Soylu, S., (2020). Diyarbakır ilinde yetişen badem ağaçlarından endofit ve epifit bakteri türlerinin izolasyonu ve bitki gelişimini teşvik eden mekanizmalarının karakterizasyonu. KSU Tarım ve Doğa Dergisi, 23, 641-654.
Altıparmak, S. (2009). Konya İlinde Asma Ur Hastalığı (Agrobacterium vitis)’nın Biyokimyasal ve Moleküler Yöntemlerle Tanılanması (Tez no 237522). [Yüksek lisans Tezi, Selçuk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Altıparmak, S., Baştaş, K.K. (2011). Konya İlinde Yaygın Olarak Yetiştirilen Asma Çeşitlerinde Bakteriyel Taç Uru (Agrobacterium vitis)’nun Tanılanması Üzerine Araştırmalar. Selcuk Journal of Agriculture and Food Sciences, 25 (1), 115-124.
Anderson, A.R., Moore, M. (1979). Host Specificity in the Genus Agrobacterium. The American Phytopathogenic Society, 69 (4), 320-323.
Anonim, (2022). TÜİK Bitkisel Üretim İstatistikleri, Üretim Miktarı. https://biruni.tuik.gov.tr/ medas/?locale=tr (Erişim tarihi: 20.07.2023)
Argun, N. (2001). Orta Anadolu Bağlarında Taç Uru'na Neden Olan Agrobacterium vitis'in Bölgesel Dağılımı ve Bazı Biyolojik Özellikleri Üzerine Araştırmalar (Tez no 104597). [Doktora tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Anabilim Dalı]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Aysan, Y., Küsek, M. (2018). Asma ur hastalığı. Bitki Bakteri Hastalıkları Kitabı. Meta Basım Matbaacılık, İzmir, 317s.
Benlioğlu, K., Özakman, M. (1998). Bağ Üretim Materyalinde Kök Uru Etmeni Agrobacterium tumefaciens’in Saptanması. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 22, 167-174.
Bora, T. & Karaca, İ. (1970). Kültür bitkilerinde hastalığın ve zararın ölçülmesi. İzmir: Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi.
Bozkurt, İ.A., Soylu S., Kara, M., Doksöz, S.F., Altan, B., Çarpar, H. (2023). Molecular characterisation of stem gall disease caused by Agrobacterium tumefaciens (=Agrobacterium biovar 1) on Citrus trees as a new host, in the Eastern Mediterranean region of Turkey. Journal of Plant Diseases and Protection, 130, 13-21.
Burr, T.J. & Katz, B.H. (1983). Isolation of Agrobacterium tumefaciens Biovar 3 from Grapevine Galls and Sap, and from Vineyard Soil. Phytopathology, 73, 163-165.
Burr, T.J., Reid, C.L., Tagliati, E., Bazzi, C., Süle, S. (1997). Biological Control of Grape Crown Gall by Strain F2/5 is not Associated with Agrocin Production or Competition for Attachment Sites on Grape Cells. Phytopathology, 87, 706-711.
Çelik, H., Ağaoğlu, Y.S., Fidan, Y., Maraşlı, B., Söylemezoğlu, G. (1998). Genel bağcılık. Sunfidan A.Ş., Mesleki Kitaplar Serisi 1, Ankara, 253 sy.
De Boer, S.H., Ward, L.J. (1995). PCR Detection of Ervinia carotovora subsp. atroceptica Associated with Potato Tissue. Phytopathology, 85, 854-858.
Demir, G., Altın, N., Üstün, N., Önceler, H., Akman, İ. (1998). Asma anaç ve standart üzüm çeşitlerinin farklı Agrobacterium vitis izolatlarına duyarlılık düzeyleri. 4. Bağcılık Sempozyumu, Yalova, Türkiye, 20-23 Ekim 1998.
Durak, H., Belgüzar, S. Cangi, R., Yanar, Y. (2017). Asma Ur Hastalığı Etmeni Rhizobium vitis’in Tokat İli Bağlarında Bulunma Oranı ve Tanılanması. Gaziosmanpaşa Bilimsel Araştırma Dergisi, 6 (3),73-84.
Eastwell, K.C., Willis, L.G., Cavileer, T.D. (1995). A Rapid and Sensitive Method to Detect Agrobacterium vitis in Grapevine Cuttings Using the Polymerase Chain Reaction. Plant Disease, 79, 822-827.
Genov, N., Llop, P., Lopez, M.M., Bobev, S.G., Alvarez, B. (2015). Molecular and Phenotypic Characterization of Agrobacterium Species from Vineyards Allows Identification of Typical Agrobacterium vitis and Atypical Biovar 1 Strains. Journal of Applied Microbiology, 118 (6), 1465-1477.
Kara, M., Soylu, S., Kurt, Ş., Soylu, E.M. and Uysal, A. (2020). Determination of antagonistic traits of bacterial isolates obtained from apricots against green fruit rot disease agent Sclerotinia sclerotiorum. Acta Horticulturae, 1290, 135-142.
Küsek, M. (2007). Asmada (Vitis vinifera L.) Ura Neden Olan Agrobacterium vitis’in Tanılanması ve Mücadele Olanaklarının Araştırılması (Tez no 199947). [Doktora Tezi, Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Anabilim Dalı]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Lamovsek, J., Zidaric, I., Plesko, I.M., Gregor, U.R.E.K., Trdan, S. (2014). Comparative Study of Diagnostic Methods Used for Monitoring of Common Grape Vine (Vitis vinifera L.) Crown Gall (Agrobacterium vitis Ophel & Kerr) in Slovenia. Acta Agriculturae Slovenica, 103 (2), 313-321.
Moore, L.W., Bouzar, H., Burr, T. (2001). Agrobacterium. In Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria (N.W. Schaad, J.B. Jones, W. Chun editor). (3rd ed.) (17-35). Minnesota: American Phytopathological Press.
Ophel, K., Kerr, A. (1990). Agrobacterium vitis sp. nov. for Strains of Agrobacterium biovar 3 from Grapevines. International Journal of Systematic Bacteriology, 40, 236-241.
Orel, D.C. (2013). Türkiye Bağ Alanlarında Rhizobium vitis’ in Varlığı ve Bazı Genetik Özelliklerinin Belirlenmesi. (Tez no 338141). [Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Orel, D.C., Reid, C.L., Fuchs, M., Burr, T.J. (2017). Identifying Environmental Sources of Agrobacterium vitis in Vineyards and Wild Grapevines. American Journal of Enology and Viticulture, 68 (2), 213-217.
Öktem, Y.E. (1978). Orta Anadolu Bağlarında Zarar Yapan Kök Uru Hastalığı (Agrobacterium tumefaciens (Smith and Townsend))’ in Surveyi, Zarar Oranının Tespiti, Çesit Reaksiyonları ile Kimyasal ve Biyolojik Savaş Yöntemleri Üzerinde Araştırmalar. [Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü].
Pavlovic, M., Konrad, R., Iwobi, A.N., Sing, A., Busch, U., Huber, I. (2012). A Dual Approach Employing MALDI-TOF MS and Real-Time PCR for Fast Species İdentification Within the Enterobacter Cloacae Complex. FEMS Microbiology Letters, 328, 46–53.
Pulawska, J. & Sobiczewski, P. (2005). Development of a Semi-Nested PCR Based Method for Sensitive Detection of Tumorigenic Agrobacterium in Soil. Journal of Applied Microbiology, 98 (3), 710-721.
Rouhrazi, K., Rahimian, H. (2012). Characterization of Iranian Grapevine Isolates of Rhizobium (Agrobacterium) spp. Journal of Plant Pathology, 94 (3), 555-560.
Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T. (1989). Molecular cloning is a laboratory manual. (2nd ed.) New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sivri, N. (2020). Trakya Bölgesi Bağ Alanlarında Asma Ur Hastalık Etmenleri Rhizobium vitis ve Rhizobium radiobacter’in Yaygınlığı ve Bazı Asma Çeşitlerinin Etmenlere Karşı Duyarlılıklarının Belirlenmesi. (Tez no 69744). [Doktora Tezi, Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Soylu, S., Kara, M., Uysal, A., Kurt, Ş. Soylu, E.M., (2021). Determination of antagonistic potential of endophytic bacteria isolated from lettuce against lettuce white mould disease caused by Sclerotinia sclerotiorum. Zemdirbyste-Agriculture, 108, 303-312.
Soylu, S., Kara, M., Uysal, A., Kurt, Ş., Soylu, E.M., Üremiş, İ., Sertkaya, E., Bozkurt, İ.A., Öztürk, M. (2022). Amik ovası havuç ekim alanlarında sorun olan fungal ve bakteriyel hastalık etmenlerin belirlenmesi. KSU Tarım ve Doğa Dergisi, 25, 1326-1340.
Szegedi, E. & Bottka, S. (2002). Detection of Agrobacterium vitis by Polymerase Chain Reaction in Grapevine Bleeding Sap After İsolation on a Semiselective Medium. Vitis, 41(1).
Tarfeen, N., Ul Nisa, K., Nisa, Q. (2022). MALDI-TOF MS: Application in diagnosis, dereplication, biomolecule profiling and microbial ecology. Proceedings of the Indian National Science Academy, 88, 277-291.
Uysal A, Kurt Ş, Soylu S, Kara M, Soylu EM (2022). Hatay ilinde yer alan turunçgil paketleme tesislerinde meyve ve hava kökenli mikrobiyata içerisindeki fungal ve bakteriyel türler ile yoğunluklarının belirlenmesi. Mustafa Kemal Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 27(2), 340-351.
Uysal, A., Kurt, Ş., Soylu, S., Soylu, E.M., Kara, M., (2019). Yaprağı yenen sebzelerdeki mikroorganizma türlerinin MALDI-TOF MS (Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi) tekniği kullanılarak tanılanması. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 29, 595-603.
Weis, C. V., Jutzeler, C. R., Borgwardt, K. (2020). Machine learning for microbial identification and antimicrobial susceptibility testing on MALDI-TOF mass spectra: A systematic review. Clinical Microbiology and Infection, 26, 1310-1317.
Young, J.M., Kuykendall, L.D., Martinez-Romero, E., Kerr, A., Sawada, H. (2001). A revision of Rhizobium (Frank 1889), with an Emended Description of The Genus, and the Inclusion of All Species of Agrobacterium (Conn 1942) and Allorhizobium undicola (de Lajudie vd., 1998) as New Combinations: Rhizobium radiobacter, R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola, and R. vitis. International Journal of Systematic Evolution Microbiology, 51(1), 89–103.

Kahramanmaraş ve Çevre İllerdeki Rhizobium vitis Tarafından Neden Olunan Asma Uru Hastalığının Tespiti

Yıl 2024, Cilt: 27 Sayı: 5, 1069 - 1079

Ceyda Ceyhan Başaran Mustafa Küsek

https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1414216

Öz

Çalışmanın amacı, Kahramanmaraş ve çevre illerde asma ur hastalığına neden olan bakteriyel etmeni Rhizobium vitis’i izole etmek, bölgedeki yaygınlığını belirlemek ve teşhisini yapmaktır. 2017-2019 Haziran-Eylül aylarında Kahramanmaraş, Adıyaman, Kilis, Gaziantep ve Şanlıurfa illerindeki bağ alanlarından ur belirtisi gösteren asmanın sürgün ve urlarında izolayon sonucunda elde edilen izolatlar patojenite testi, klasik, moleküler ve MALDI –TOF MS tanılaması yapılmıştır. Bu çalışmada hastalık belirtisi gösteren 46 bağ alanında, asma ur hastalığı yaygınlığı Kahramanmaraş %76,47, Adıyaman %75, Gaziantep %50, Kilis %33,33 ve Şanlıurfa %20 olarak belirlenmiştir. Çalışma bölgesindeki bulaşık 46 bağ alanından 24 hastalık etmeni Rhizobium vitis izolatı izole edilmiştir. Sera koşullarında Hatun Parmağı asma çeşidinde R. vitis izolatları ile yapılan patojenite testi sonucunda oluşan urların ağırlıklarına göre en virülent izolatlar; CU52-3/2, CU39-11/5 ve CU39-8/1 olarak belirlenmiştir. Klasik testler sonucunda 13 izolatın R. vitis’e %100 benzer olduğunu; R. vitis’e özelleşmiş primerler ile yapılan moleküler karakterizasyon sonucunda 17 izolatın virA geni, 13 izolatın pehA geni, 10 izolatın virF geni, 6 izolatın ise oktopin tipi plazmide sahip olduğu belirlenmiştir. Temsilen seçilen 10 izolat MALDI-TOF MS analizi sonucunda R. vitis olarak teşhis edilmiştir. Bu çalışma ile aynı asma çeşidi üzerinde farklı virülenslikteki patojen izolatların etkisi ortaya konmuştur. Bu doğrultuda, yüksek virülens bakteriyel etmenlere karşı kontrol yöntemleri, bitkilerdeki kayıpları azaltmak için tarla ve bahçe alanlarında uygulanabilirliğinin araştırılması sağlanacaktır. Türkiye bağcılığında sorun olan bu hastalık etmeni için farklı asma çeşitleri üzerinde çalışmalar yapılarak R. vitis’e dayanıklı veya tolerant çeşitlerin geliştirilmesi sağlanabilecektir.

Anahtar Kelimeler

Asma ur hastalığı, Rhizobium vitis, Moleküler tanılama, MALDI-TOF MS

Destekleyen Kurum

Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Bilimsel Araştırmalar Komisyon Birimi (Proje no: 2020/7-13 D)

Teşekkür

Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi'nin desteği (Proje no: 2020/7-13 D) ve Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi Bitki Sağlığı Kliniği Uygulama ve Araştırma Merkezi'nde Prof. Dr. Soner SOYLU ve Araş. Gör. Dr. Aysun Uysal'ın katkıları için teşekkürlerimizi sunarız.

Kaynakça

Akgül, D.S., Özyılmaz, Ü., Önder, S., Çelik, S., Soltekin, R.O., Benlioğlu, K. (2018). Susceptibility of Grapevine Cultivars and Rootstocks to Crown Gall Disease (Rhizobium vitis) in the Aegean Region of Turkey. Fresenius Environmental Bulletin, 27 (9), 6229-6238.
Aktan, ZC., Soylu, S., (2020). Diyarbakır ilinde yetişen badem ağaçlarından endofit ve epifit bakteri türlerinin izolasyonu ve bitki gelişimini teşvik eden mekanizmalarının karakterizasyonu. KSU Tarım ve Doğa Dergisi, 23, 641-654.
Altıparmak, S. (2009). Konya İlinde Asma Ur Hastalığı (Agrobacterium vitis)’nın Biyokimyasal ve Moleküler Yöntemlerle Tanılanması (Tez no 237522). [Yüksek lisans Tezi, Selçuk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Altıparmak, S., Baştaş, K.K. (2011). Konya İlinde Yaygın Olarak Yetiştirilen Asma Çeşitlerinde Bakteriyel Taç Uru (Agrobacterium vitis)’nun Tanılanması Üzerine Araştırmalar. Selcuk Journal of Agriculture and Food Sciences, 25 (1), 115-124.
Anderson, A.R., Moore, M. (1979). Host Specificity in the Genus Agrobacterium. The American Phytopathogenic Society, 69 (4), 320-323.
Anonim, (2022). TÜİK Bitkisel Üretim İstatistikleri, Üretim Miktarı. https://biruni.tuik.gov.tr/ medas/?locale=tr (Erişim tarihi: 20.07.2023)
Argun, N. (2001). Orta Anadolu Bağlarında Taç Uru'na Neden Olan Agrobacterium vitis'in Bölgesel Dağılımı ve Bazı Biyolojik Özellikleri Üzerine Araştırmalar (Tez no 104597). [Doktora tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Anabilim Dalı]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Aysan, Y., Küsek, M. (2018). Asma ur hastalığı. Bitki Bakteri Hastalıkları Kitabı. Meta Basım Matbaacılık, İzmir, 317s.
Benlioğlu, K., Özakman, M. (1998). Bağ Üretim Materyalinde Kök Uru Etmeni Agrobacterium tumefaciens’in Saptanması. Turkish Journal of Agriculture and Forestry, 22, 167-174.
Bora, T. & Karaca, İ. (1970). Kültür bitkilerinde hastalığın ve zararın ölçülmesi. İzmir: Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi.
Bozkurt, İ.A., Soylu S., Kara, M., Doksöz, S.F., Altan, B., Çarpar, H. (2023). Molecular characterisation of stem gall disease caused by Agrobacterium tumefaciens (=Agrobacterium biovar 1) on Citrus trees as a new host, in the Eastern Mediterranean region of Turkey. Journal of Plant Diseases and Protection, 130, 13-21.
Burr, T.J. & Katz, B.H. (1983). Isolation of Agrobacterium tumefaciens Biovar 3 from Grapevine Galls and Sap, and from Vineyard Soil. Phytopathology, 73, 163-165.
Burr, T.J., Reid, C.L., Tagliati, E., Bazzi, C., Süle, S. (1997). Biological Control of Grape Crown Gall by Strain F2/5 is not Associated with Agrocin Production or Competition for Attachment Sites on Grape Cells. Phytopathology, 87, 706-711.
Çelik, H., Ağaoğlu, Y.S., Fidan, Y., Maraşlı, B., Söylemezoğlu, G. (1998). Genel bağcılık. Sunfidan A.Ş., Mesleki Kitaplar Serisi 1, Ankara, 253 sy.
De Boer, S.H., Ward, L.J. (1995). PCR Detection of Ervinia carotovora subsp. atroceptica Associated with Potato Tissue. Phytopathology, 85, 854-858.
Demir, G., Altın, N., Üstün, N., Önceler, H., Akman, İ. (1998). Asma anaç ve standart üzüm çeşitlerinin farklı Agrobacterium vitis izolatlarına duyarlılık düzeyleri. 4. Bağcılık Sempozyumu, Yalova, Türkiye, 20-23 Ekim 1998.
Durak, H., Belgüzar, S. Cangi, R., Yanar, Y. (2017). Asma Ur Hastalığı Etmeni Rhizobium vitis’in Tokat İli Bağlarında Bulunma Oranı ve Tanılanması. Gaziosmanpaşa Bilimsel Araştırma Dergisi, 6 (3),73-84.
Eastwell, K.C., Willis, L.G., Cavileer, T.D. (1995). A Rapid and Sensitive Method to Detect Agrobacterium vitis in Grapevine Cuttings Using the Polymerase Chain Reaction. Plant Disease, 79, 822-827.
Genov, N., Llop, P., Lopez, M.M., Bobev, S.G., Alvarez, B. (2015). Molecular and Phenotypic Characterization of Agrobacterium Species from Vineyards Allows Identification of Typical Agrobacterium vitis and Atypical Biovar 1 Strains. Journal of Applied Microbiology, 118 (6), 1465-1477.
Kara, M., Soylu, S., Kurt, Ş., Soylu, E.M. and Uysal, A. (2020). Determination of antagonistic traits of bacterial isolates obtained from apricots against green fruit rot disease agent Sclerotinia sclerotiorum. Acta Horticulturae, 1290, 135-142.
Küsek, M. (2007). Asmada (Vitis vinifera L.) Ura Neden Olan Agrobacterium vitis’in Tanılanması ve Mücadele Olanaklarının Araştırılması (Tez no 199947). [Doktora Tezi, Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bitki Koruma Anabilim Dalı]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Lamovsek, J., Zidaric, I., Plesko, I.M., Gregor, U.R.E.K., Trdan, S. (2014). Comparative Study of Diagnostic Methods Used for Monitoring of Common Grape Vine (Vitis vinifera L.) Crown Gall (Agrobacterium vitis Ophel & Kerr) in Slovenia. Acta Agriculturae Slovenica, 103 (2), 313-321.
Moore, L.W., Bouzar, H., Burr, T. (2001). Agrobacterium. In Laboratory Guide for Identification of Plant Pathogenic Bacteria (N.W. Schaad, J.B. Jones, W. Chun editor). (3rd ed.) (17-35). Minnesota: American Phytopathological Press.
Ophel, K., Kerr, A. (1990). Agrobacterium vitis sp. nov. for Strains of Agrobacterium biovar 3 from Grapevines. International Journal of Systematic Bacteriology, 40, 236-241.
Orel, D.C. (2013). Türkiye Bağ Alanlarında Rhizobium vitis’ in Varlığı ve Bazı Genetik Özelliklerinin Belirlenmesi. (Tez no 338141). [Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Orel, D.C., Reid, C.L., Fuchs, M., Burr, T.J. (2017). Identifying Environmental Sources of Agrobacterium vitis in Vineyards and Wild Grapevines. American Journal of Enology and Viticulture, 68 (2), 213-217.
Öktem, Y.E. (1978). Orta Anadolu Bağlarında Zarar Yapan Kök Uru Hastalığı (Agrobacterium tumefaciens (Smith and Townsend))’ in Surveyi, Zarar Oranının Tespiti, Çesit Reaksiyonları ile Kimyasal ve Biyolojik Savaş Yöntemleri Üzerinde Araştırmalar. [Doktora Tezi, Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü].
Pavlovic, M., Konrad, R., Iwobi, A.N., Sing, A., Busch, U., Huber, I. (2012). A Dual Approach Employing MALDI-TOF MS and Real-Time PCR for Fast Species İdentification Within the Enterobacter Cloacae Complex. FEMS Microbiology Letters, 328, 46–53.
Pulawska, J. & Sobiczewski, P. (2005). Development of a Semi-Nested PCR Based Method for Sensitive Detection of Tumorigenic Agrobacterium in Soil. Journal of Applied Microbiology, 98 (3), 710-721.
Rouhrazi, K., Rahimian, H. (2012). Characterization of Iranian Grapevine Isolates of Rhizobium (Agrobacterium) spp. Journal of Plant Pathology, 94 (3), 555-560.
Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T. (1989). Molecular cloning is a laboratory manual. (2nd ed.) New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Sivri, N. (2020). Trakya Bölgesi Bağ Alanlarında Asma Ur Hastalık Etmenleri Rhizobium vitis ve Rhizobium radiobacter’in Yaygınlığı ve Bazı Asma Çeşitlerinin Etmenlere Karşı Duyarlılıklarının Belirlenmesi. (Tez no 69744). [Doktora Tezi, Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü]. Yükseköğretim Kurulu Ulusal Tez Merkezi.
Soylu, S., Kara, M., Uysal, A., Kurt, Ş. Soylu, E.M., (2021). Determination of antagonistic potential of endophytic bacteria isolated from lettuce against lettuce white mould disease caused by Sclerotinia sclerotiorum. Zemdirbyste-Agriculture, 108, 303-312.
Soylu, S., Kara, M., Uysal, A., Kurt, Ş., Soylu, E.M., Üremiş, İ., Sertkaya, E., Bozkurt, İ.A., Öztürk, M. (2022). Amik ovası havuç ekim alanlarında sorun olan fungal ve bakteriyel hastalık etmenlerin belirlenmesi. KSU Tarım ve Doğa Dergisi, 25, 1326-1340.
Szegedi, E. & Bottka, S. (2002). Detection of Agrobacterium vitis by Polymerase Chain Reaction in Grapevine Bleeding Sap After İsolation on a Semiselective Medium. Vitis, 41(1).
Tarfeen, N., Ul Nisa, K., Nisa, Q. (2022). MALDI-TOF MS: Application in diagnosis, dereplication, biomolecule profiling and microbial ecology. Proceedings of the Indian National Science Academy, 88, 277-291.
Uysal A, Kurt Ş, Soylu S, Kara M, Soylu EM (2022). Hatay ilinde yer alan turunçgil paketleme tesislerinde meyve ve hava kökenli mikrobiyata içerisindeki fungal ve bakteriyel türler ile yoğunluklarının belirlenmesi. Mustafa Kemal Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 27(2), 340-351.
Uysal, A., Kurt, Ş., Soylu, S., Soylu, E.M., Kara, M., (2019). Yaprağı yenen sebzelerdeki mikroorganizma türlerinin MALDI-TOF MS (Matris Destekli Lazer Desorpsiyon/İyonizasyon Uçuş Süresi Kütle Spektrometresi) tekniği kullanılarak tanılanması. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 29, 595-603.
Weis, C. V., Jutzeler, C. R., Borgwardt, K. (2020). Machine learning for microbial identification and antimicrobial susceptibility testing on MALDI-TOF mass spectra: A systematic review. Clinical Microbiology and Infection, 26, 1310-1317.
Young, J.M., Kuykendall, L.D., Martinez-Romero, E., Kerr, A., Sawada, H. (2001). A revision of Rhizobium (Frank 1889), with an Emended Description of The Genus, and the Inclusion of All Species of Agrobacterium (Conn 1942) and Allorhizobium undicola (de Lajudie vd., 1998) as New Combinations: Rhizobium radiobacter, R. rhizogenes, R. rubi, R. undicola, and R. vitis. International Journal of Systematic Evolution Microbiology, 51(1), 89–103.

Toplam 40 adet kaynakça vardır.

Ayrıntılar

Birincil Dil	İngilizce
Konular	Fitopatoloji
Bölüm	ARAŞTIRMA MAKALESİ (Research Article)
Yazarlar	Ceyda Ceyhan Başaran 0000-0002-9695-281X Mustafa Küsek 0000-0002-6320-5869
Erken Görünüm Tarihi	2 Temmuz 2024
Yayımlanma Tarihi
Gönderilme Tarihi	3 Ocak 2024
Kabul Tarihi	4 Nisan 2024
Yayımlandığı Sayı	Yıl 2024Cilt: 27 Sayı: 5

Kaynak Göster

APA	Ceyhan Başaran, C., & Küsek, M. (2024). The Detection of Crown Gall Disease Caused by Rhizobium Vitis in Kahramanmaras and Surrounding Provinces. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım Ve Doğa Dergisi, 27(5), 1069-1079. https://doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.1414216