Colchicum has played a vital role in the field of medicine due to its inherent properties, with its importance extending from the past to the present. DNA barcoding is an effective tool for the identification and conservation of plant species. This study tested the application of the 18S rRNA gene for the phylogenetic construction of Colchicum species. The phylogenetic UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean) tree and STRUCTURE analysis were conducted to assess the consistency of the results for 33 Colchicum specimens and one outgroup species, utilizing the 18S rRNA partial gene. The results of the study showed that DNA barcoding using 18S rRNA was an effective method for identifying Colchicum species, with 97.76% of the tested sequences being successfully determined. This study contributes to the field of phylogenetic analysis of Colchicum species by illustrating the utility of the 18S rRNA gene for phylogenetic construction, underscoring its significance in advancing our understanding of plant genetics. The nucleotide sequences obtained for species identification in this study were uploaded to the barcode of life data system (BOLD), contributing to internationally accessible genetic data.
Colchicum L DNA barcoding 18S rRNA gene Phylogenetic analysis Taxonomic identification
I would like to express my gratitude to Prof. Ahu ALTINKUT UNCUOĞLU from the Department of Bioengineering at Marmara University and Prof. Yıldız AYDIN from the Department of Biology at Marmara University for their significant contributions to the completion of this study.
Colchicum, sahip olduğu doğal özellikleri nedeniyle tıp alanında önemli bir rol oynamış olup, önemi geçmişten günümüze kadar uzanmaktadır. DNA barkodlama, bitki türlerinin tanımlanması ve korunması için etkili bir araçtır. Bu çalışma, Colchicum türlerinin filogenetik yapısının oluşturulmasında 18S rRNA geninin uygulamasını test etmiştir. 33 Colchicum örneği ve bir dış grup türü kullanılarak, 18S rRNA kısmi geni ile filogenetik UPGMA (aritmetik ortalama ile ağırlıksız çift grup yöntemi) ağacı ve STRUCTURE analizi yapılmıştır. Çalışmanın sonuçları, 18S rRNA kullanılarak yapılan DNA barkodlamanın Colchicum türlerinin tanımlanmasında etkili bir yöntem olduğunu ve test edilen dizilerin %97.76'sının başarılı bir şekilde belirlendiğini göstermiştir. Bu çalışma, 18S rRNA geninin filogenetik yapı oluşturmadaki faydasını göstererek Colchicum türlerinin filogenetik analizine katkıda bulunmakta ve bitki genetiğini anlama konusunda ilerlememize olanak sağlamaktadır. Tür tanımlaması için elde edilen nükleotid dizileri, uluslararası erişilebilir genetik verilere katkıda bulunmak amacıyla yaşam barkodu veri sistemine (BOLD) yüklenmiştir.
Colchicum L. DNA barkodlama 18S rRNA geni Filogenetik analiz Taksonomik tanımlama
Bu çalışmanın tamamlanmasındaki önemli katkılarından dolayı, Marmara Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü'nden Prof. Ahu ALTINKUT UNCUOĞLU'na ve Marmara Üniversitesi Biyoloji Bölümü'nden Prof. Yıldız AYDIN'a teşekkürlerimi sunuyorum.
Birincil Dil | İngilizce |
---|---|
Konular | Bitki Biyoteknolojisi |
Bölüm | ARAŞTIRMA MAKALESİ (Research Article) |
Yazarlar | |
Erken Görünüm Tarihi | 19 Aralık 2024 |
Yayımlanma Tarihi | |
Gönderilme Tarihi | 18 Temmuz 2024 |
Kabul Tarihi | 12 Ekim 2024 |
Yayımlandığı Sayı | Yıl 2024Cilt: 27 Sayı: Ek Sayı 2 (Suppl 2) |
2022-JIF = 0.500
2022-JCI = 0.170
Uluslararası Hakemli Dergi (International
Peer Reviewed Journal)
Dergimiz, herhangi bir başvuru veya yayımlama ücreti almamaktadır. (Free submission and publication)
Yılda 6 sayı yayınlanır. (Published 6 times a year)
Bu web sitesi Creative Commons Atıf 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.